En 1997 la población de vaquitas era de 567. En el año 2000 se registró que el número de ejemplares estaba entre 150 y 300. La depresión endogámica podría empezar a afectar la adaptabilidad de la especie. En el 2014 la población se estimó en 100 individuos. La recomendación que daban era prohibir el uso de redes de enmalle para hacer prosperar la recuperación de la vaquita marina. Según el comité, la población está disminuyendo a un ritmo del 18,5 % anual y se necesitan, urgentemente, medidas adicionales para salvar la especie. Estas pueden ser la aplicación de la prohibición de la pesca con redes de enmalle en todo el hábitat de la vaquita marina, la adopción de medidas para eliminar la pesca ilegal de la totoaba y, con la ayuda de los EE. UU. y China, detener el comercio de las vejigas natatorias de la totoaba.
AMENAZAS PRIMARIAS
Se han realizado estudios en el golfo de Santa Clara, uno de los tres puntos en los que viven las vaquitas marinas, dichos estudios indican que las redes de enmalle causan alrededor de 39 muertes de vaquitas marinas al año. Lo cual representa el 17 % de la población total dentro de este golfo.
Aun así si se prohíbe el uso de las redes de enmalle en las áreas de refugio de la vaquita marina, la cual contiene el 50 % del hábitat de la vaquita, la población seguirá en declive, lo cual sugiere que una completa prohibición del uso de redes de enmalle podría ser la solución para preservar a la vaquita marina. Otras posibles amenazas son las alteraciones y contaminación del hábitat. El hábitat de la vaquita es pequeño y el suministro de alimento en el ambiente marino es afectado por la calidad y el nivel de nutrientes. El daño causado al norte del río Colorado ha sido reducido con el flujo de agua fresca en el golfo, lo cual era peligroso para la vaquita. Además el uso de pesticidas tratados con cloro podría tener un efecto perjudicial. A pesar de estos posibles problemas es importante notar que la mayoría de los cuerpos recuperados de las vaquitas no muestran signos de adelgazamiento o de estresantes ambientales, suponiendo que el declive de la población se debe mayormente a la pesca accidental.
AMENAZAS SECUNDARIAS
Aunque la mayor causa de mortalidad de la vaquita marina es la pesca accidental con redes de enmalle, los nuevos problemas que surgen hacen que la recuperación en la población de la vaquita marina sea cada vez más difícil.
Con menos individuos en el hábitat, habrá menos contacto entre diferentes sexos y en consecuencia la reproducción será menor. Lo cual ha reducido la variabilidad genética y genera un efecto de cuello de botella. Cuando esto ocurre los genes recesivos y dañinos se manifiestan, sobre todo en los recién nacidos. Además disminuye la adaptabilidad de las futuras generaciones.
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